共和国最高議長バローラムの特使としてナブー星域に到着したジェダイマスターのクワィ＝ガン・ジンと、そのパダワン（弟子）であるオビ＝ワン・ケノービは、通商連合の司令船に乗船し、総督のヌート・ガンレイへの面会を申し出るが、ガンレイらはナブー封鎖を陰で操るシスの暗黒卿ダース・シディアスの指示に従い、２人を抹殺しようと企てる。毒ガスの攻撃やバトルドロイドらの襲撃を交わしたクワィ＝ガンたちは、連合側がナブーへの侵略を進めるために上陸準備をしているのを格納庫で目撃する。

　２人は別々に上陸艇に隠れ、ナブーで再び合流することにする。連合軍はナブーへと侵攻を開始し、アミダラ女王の身柄を確保するために宮殿へと進む。一方、上陸艇を抜け出したクワィ＝ガンとオビ＝ワンは、そこで原住種族であるグンガン族のジャー・ジャー・ビンクスと出会う。ジャー・ジャーの導きでグンガン族の水中都市に逃げ延びた２人のジェダイは、女王の住む宮殿へ向かうための乗り物をグンガン族の長ボス・ナスから借り、案内人としてジャー・ジャーを同行させる。